Penurunan kapitasi juga memicu efek domino lain. Dana kapitasi yang dibayarkan BPJS Kesehatan dihitung berdasarkan jumlah jiwa terdaftar di setiap Puskesmas. Artinya, setiap satu peserta PBI yang dinonaktifkan berkontribusi pada pengurangan pendapatan bulanan Puskesmas, yang berkisar antara Rp3.600 hingga Rp6.000 per jiwa. Jika penonaktifan terjadi secara massal, penurunan pendapatan menjadi signifikan dan berisiko mengganggu likuiditas, terutama bagi Puskesmas berstatus BLUD. Di lapangan, penonaktifan PBI memicu lonjakan pengaduan publik. Banyak warga baru mengetahui status BPJS mereka nonaktif saat hendak berobat di Puskesmas atau rumah sakit. Situasi ini menimbulkan kegaduhan administratif sekaligus tekanan psikologis bagi masyarakat.
Pemerintah daerah pun harus bekerja ekstra melakukan verifikasi dan validasi data untuk memastikan warga yang benar-benar layak kembali dibantu. Sementara itu, ada kecenderungan sebagian masyarakat menunda pengobatan karena khawatir biaya, yang dalam jangka panjang dapat menurunkan derajat kesehatan masyarakat Gunungkidul. RSUD milik Pemda juga terkena imbas. Risiko piutang tak tertagih meningkat jika pasien tetap dilayani meskipun status BPJS nonaktif dan tidak mampu membayar secara mandiri. Bagi Puskesmas, penurunan kapitasi tidak hanya berdampak pada operasional, tetapi juga pada distribusi jasa pelayanan (jaspel) bagi tenaga kesehatan. Pemotongan jaspel di tengah beban kerja yang tetap tinggi berpotensi menurunkan motivasi tenaga medis.
Selain itu, Puskesmas menjadi garda terdepan yang berhadapan langsung dengan masyarakat. Petugas loket harus meluangkan waktu lebih banyak untuk menjelaskan status BPJS yang nonaktif, mengalihkan pasien ke skema umum atau mandiri, yang kerap memicu konflik, terutama bagi warga kurang mampu.Dalam situasi tersebut, Regrouping Administrasi atau Integrasi Manajemen Puskesmas dinilai sebagai solusi strategis untuk memitigasi dampak finansial penonaktifan PBI BPJS. Melalui model ini, Puskesmas tetap beroperasi secara fisik di lokasi masing-masing demi menjaga akses layanan, namun tata kelola keuangan dan birokrasi disatukan.
