Besaran pemotongan jasa pelayanan dilakukan secara sistematis dan berkelanjutan dengan persentase berbeda di setiap periode kepemimpinan direktur RSUD Wonosari. Pada periode 2009–2010 (dr. R. Hantyanto Noriswanto), pemotongan berkisar 4–5 persen. Selanjutnya meningkat menjadi 19,5 persen pada periode 2010–2016 (drg Isti Indiyani), dan kembali naik hingga 25 persen pada periode 2017–2023 (dr. Heru Sulistyowati).
Kebijakan pemotongan tersebut dituangkan dalam Surat Keputusan atau Peraturan Direktur RSUD Wonosari, selanjutnya dana hasil pemotongan ditampung dalam akun fiktif yang disebut sebagai “biaya umum”. Penggunaan dana ini diatur melalui SK Direktur RSUD Wonosari Nomor 188.4/1398.e/2010 tanggal 31 Agustus 2010, yang menyebutkan bahwa biaya umum digunakan sebagai dana taktis direktur serta untuk membiayai kegiatan yang tidak tercantum dalam Dokumen Pelaksanaan Anggaran (DPA) APBD RSUD Wonosari.
Namun, meskipun diatur melalui SK internal, dana biaya umum tersebut tidak pernah dicatat dalam laporan keuangan RSUD Wonosari sebagai bagian dari pertanggungjawaban keuangan kepada Bupati atau Pemerintah Daerah Kabupaten Gunungkidul. Dana ini juga tidak pernah disajikan dalam pemeriksaan keuangan oleh BPK, BPKP, maupun Inspektorat Daerah.
